Gli oggetti esposti sono custoditi in teche che oltre a consentirne la buona manutenzione ne permettono anche l'eventuale impiego in occasione di particolari ricorrenze religiose.
L'accesso del museo immette il visitatore direttamente nell'antica torre dove un'urna cineraria romana e alcuni frammenti di pavimentazione musiva risalenti al V o VI secolo testimoniano l'esistenza già in età altomedioevale di un edificio dedicato al culto. Quindi si passa nella Sacrestia Nuova che, costruita alla fine del XIV secolo e inizialmente impiegata come sala delle udienze, ha sulla parete occidentale una Crocifissione del pittore Giovanni Cristiani. Qui sono custoditi pezzi di oreficeria trecentesca di notevole interesse quali il reliquiario di san Zeno, il calice e la croce di sant'Atto. Dalla Sacrestia Nuova si accede alla Sacrestia Vecchia che un tempo ospitava il Tesoro di san Jacopo, celebre non solo per la sua ricchezza ma anche per la memoria dantesca del furto sacrilego di Vanni Fucci. Tra i preziosi doni destinati al Santo Patrono della città vi è il reliquiario a lui dedi-cato, celebre capolavoro di Lorenzo Ghiberti e della sua bottega. Una volta raggiunto il primo piano del palazzo si incontrano le sale destinate all'esposizione degli arredi liturgici. Dalla terza sala, sede della cancelleria vescovile, divampò l'incendio che nel 1641 distrusse la maggior parte degli arredi.
Oltrepassato il sopraportico del Duomo dal quale il vescovo poteva assistere alle funzioni religiose senza scendere in cattedrale si incontra la cappella di san Niccolò.
Particolare per la tipologia costruttiva essa si orna di un raro ciclo ad affresco con storie di san Nicola e una Crocifissione della fine del XIII secolo.
Preziose suppellettili sono esposte nelle altre sale del piano primo e tra queste il reliquiario di san Bartolomeo che il cardinale Giulio Rospigliosi commissionò per la reliquia del Santo donata alla città da Papa Alessandro VII. Infine l'itinerario di visita conduce nuovamente al piano inferiore dove, sin dal XIV secolo, si aprivano le botteghe dei mercanti.
Il Museo Capitolare organizzato secondo i più aggiornati criteri museali ha restituito alla città uno spazio di visita e di conoscenza di notevole valore storico ed artistico.
